Сразу после событий, описанных в Карантине 1, это безжалостно напряженное продолжение обнаруживает, что пассажиры рейса 318 поднимаются в облака, когда сообщения об изолированном жилом доме в Лос-Анджелесе начинают просачиваться в ночные новости. Вскоре после этого у пассажиров рейса начинают проявляться тревожные симптомы, похожие на бешенство, что вынуждает пилотов совершить экстренную посадку в изолированном терминале крупного столичного аэропорта. Когда группа поспешно покидает самолет, перепуганная стюардесса Дженни (Мерседес Масон) храбро пытается отвести их в безопасное место.
Но когда на место происшествия прибывает отряд полицейских и сотрудников экстренных служб в сопровождении ЦКЗ, облегчение пассажиров превращается в ужас, когда они понимают, что были помещены в карантин без надежды на спасение. Теперь их единственный шанс пережить этот кошмар, не заразившись вирусом и не будучи сбитым во время бегства, находится в руках Дженни и находчивого воспитателя детского сада Генри (Джош Кук), которые пытаются оставаться спокойными достаточно долго, чтобы сформулировать жизнеспособный план побега.