Могила светлячков открывается вечером 1945 года, после капитуляции Японии в конце Второй мировой войны; и на вокзале молодой Сэйта умирает в одиночестве. Остальная часть фильма рассказывает нам, в воспоминаниях, как все дошло до этого. Сэйта и Сэцуко-два маленьких японских ребенка, выросших в последние дни Второй мировой войны. К большой гордости Сэйты, их отец служит в японском флоте, и они живут довольно довольной жизнью в Кобе, несмотря на нормирование и другие лишения войны. Когда их мать умирает от ожогов, полученных во время американской бомбардировки, дальняя тетя берет их к себе-и конфликт в конечном итоге заставляет детей пытаться выжить самостоятельно. Поначалу Сейта и его младшая сестра наслаждаются своей идиллической жизнью в деревне, но суровая реальность в конце концов оседает, когда Сейта начинает понимать трудности ухода за маленьким ребенком, когда не хватает ни еды, ни сострадания.