Противостояние начинается именно там, где закончились «Мстители: Эра Альтрона». Во главе с капитаном Стивом Роджерсом новая команда Мстителей продолжает миссию по поддержанию мира, когда они втянуты в международный инцидент, который наносит значительный побочный ущерб. Быстро раздаются призывы к новому руководящему органу решить, когда действительно нужны услуги Мстителей. Новое политическое давление и связанная с этим борьба за силу постепенно разъединяют команду и разделяют ее на два лагеря. Одним из них руководит Стив Роджерс и его желание защитить свободу Мстителей и защитить их от вмешательства правительства в их работу по защите человечества. Другой лагерь следует за Тони Старком и его неожиданным решением поставить Мстителей под контроль и ответственность государства. Открываются непреодолимые трещины - как только на сцене появляется новый гнусный враг.