История начинается в Нагасаки. Когда в небе появляется бомбардировщик B-29 и завывают сирены воздушной тревоги, охваченные паникой японские войска начинают совершать ритуальное сэппуку. Испуганный, но не желающий жертвовать собственной жизнью, молодой солдат Яшида укрывается в сильно укрепленной тюремной яме, в которой содержится бессмертный мутант Росомаха, защитивший парня от смертельного взрыва.
Десятилетия спустя Логан отказался от насилия после того, как его вынудили убить свою любимую Джин Грей (Фамке Янссен). Он противостоит охотнику, который использовал незаконные стрелы с отравленными наконечниками, когда владеющий мечом Юкио (Рила Фукусима) приходит ему на помощь и вызывает его в Японию по приказу умирающего Яшиды (Хэл Яманучи), ныне главы крупнейшего и самого могущественного технологического гиганта Японии. Всего за несколько часов до смерти Ясида умоляет Логана защитить его внучку Марико (Тао Окамато), которую он лично выбрал для управления семейным бизнесом-к большому огорчению ее отца-заговорщика Сингэна (Хироюки Санада). Когда якудза предпринимает попытку громкого похищения внучки во время похорон Яшиды, Логан приходит ей на выручку и получает столь необходимую помощь от загадочного ниндзя Харады (Уилл Юн Ли).
Едва спасшись, главный герой и Марико скрываются вместе с якудзой и безжалостной Гадюкой-мутантом (Светлана Ходченкова), идущей по их следу. Но битва еще далека от завершения, и, поскольку целебные способности Росомахи таинственным образом уменьшились, он, возможно, не сможет долго защищать девчонку.